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ワクチンは、最も一般的には弱毒化または不活化された病気の原因となる病原体で構成されています。 それらは一般に効果的ですが、免疫不全患者では合併症を引き起こす可能性があり、有効期間が短くなります。 ほとんどの T リンパ球は抗原上の特定のアミノ酸配列を認識するため、合成ペプチド ワクチンは従来のワクチンに代わる費用対効果の高い代替品となります。 ただし、それらが有効であるためには、これらの免疫原性配列を同定する必要があります。
タンパク質上の免疫原性エピトープをを探索するためには、次の2つ主なボトルネックがあります。(1) タンパク質の三次元構造により、最も免疫原性の高い配列が「隠されている」可能性があること、および (2) 標的タンパク質上に複数の抗原性エピトープが存在する可能性があることです。 ペプチド ライブラリは、ペプチドの複数の組み合わせについて並行して評価することができるため、これらのボトルネックの両方に対処できます。 さらに、ペプチドプールはワクチンのエピトープ探索も促進します。 後者の場合、複数の免疫刺激エピトープを組み合わせて、どの組み合わせがリンパ球を最もよく刺激するかを決定します。
ワクチンの性能を予測することは、新しいワクチンの開発における重要なステップです。ワクチン有効性の判断には、人での臨床評価が最も有益な方法ですが、特に感染症治療用のワクチンを扱う場合には、これは常に可能または倫理的な手段であるとは限りません。さらに、ワクチンの効果を予測するには、免疫応答を仲介する細胞相互作用を完全に理解する必要があります。このような観点から、ペプチドライブラリは、ワクチンが患者にどの程度効果があるかを解明する一助となります。